فعالیت‌های پژوهشی دفتر تبلیغات اسلامی شعبه اصفهان به صورت رسمی از سال 1382 شمسی در قالب «معاونت پژوهشی» آغاز شد. بسترسازی برای انجام فعالیت‌های پژوهشی حوزویان، توسعه و ترویج فرهنگ پژوهش در این حوزة دیرپا، انجام پژوهش‌های بنیادی و توسعه‌ای با اتکا به منابع دانشور حوزة علمیه اصفهان، ارایة خدمات علمی‌پژوهشی به علاقه‌مندان و نیز پاسخ‌گویی به نیازها و مطالبات پژوهشی مخاطبان در حوزة علوم و معارف اسلامی در زمرة اهداف آغازین تأسیس این معاونت بوده است. با روند توسعة فعالیت‌های پژوهشی و قریب یک دهه انباشت دانش و تجربه سازمانی در این مسیر و نیز تغییر رویکرد دفتر تبلیغات اسلامی از کارکرد محوری به مسأله محوری ساختار معاونت به «مرکز مطالعات اسلامی اصفهان» تغییر یافت. این مرکز در تاریخ 4/10/1391 بر اساس مصوبه شورای پژوهشی پژوهشگاه تلاش کرد اهداف یادشده را در قالب چهار گروه پژوهشی «اخلاق»، «ادیان»، «فلسفه و کلام» و«فقه و حقوق»  دنبال کرده و بستری مناسب برای فعالیت‌های جدید پژوهشی ایجاد کند.